关于肿瘤标志物的分类，目前还没有固定统一的分类标准，而且一些以前认为是肿瘤标志物的物质，或者由于其特异性、敏感性太低，或者由于对某一肿瘤又找到了更理想的标志物质，现在已很少使用，所以各种出版物中有关肿瘤标志物分类的叙述很不一致。一般根据这些标志物的生化属性或者其生理功能，可将肿瘤标志物分成蛋白类标志物、酶类标志物、胺类标志物、多肽激素类标志物、神经介质类标志物、肿瘤相关抗原等七大类（ 见下表）。

  表:  肿瘤标志物的分类

    近十几年来，由于生产单克隆抗体技术的日益成熟和发展，一批肿瘤相关抗原已被作为主要的肿瘤标志物广泛应用于临床，如PSA 对于前列腺癌、CA125 对于卵巢癌、CA15-3对于乳腺癌、CEA、CA19-9 对于肠癌等，都有很高的临床价值。目前CY_FRA21-1 又被作肺癌，特别是非小细胞性肺癌的新的肿瘤标志物应用于临床，而且还促进了有关像TPA TPS TPAcyk 等这样一批细胞角蛋白或细胞角蛋白片断物质作为新的肿瘤标志物在临床的应用。